Функция, которую вы описываете, называется автоматическим ремонтом и запускается, когда установочный пакет замечает, что компонент, который он считает необходимым, был перемещен или удален. Обычно этого не должно происходить, если вы переименовываете только папку меню «Пуск», но бывают случаи, когда это возможно.
Один из таких случаев - это когда вы помещаете в папку меню «Пуск» что-то, кроме ярлыка (например, файл readme). Если это так, поместите его в папку приложений и создайте для него ярлык.