Вы пытаетесь установить внутреннее свойство HTML на входе, и вместо этого необходимо изменить свойство значения.
Измените это:
document.getElementById("num").innerHTML=number + 1;
К этому:
document.getElementById("num").value=number + 1;
function prep2() {
if (event.keyCode === 13) {
var number = parseInt(document.getElementById('num').value);
document.getElementById("num").value = number + 1;
}
}
body {
font-family: Arial;
font-size: 50px;
}
<html>
<head>
<title>Game</title>
</head>
<body>
<input type="text" onkeypress="prep2()" id="num">
</body>
</html>