Вы действительно можете это сделать.
Мне не ясно, почему автор решил сделать это, но в целом, если сделать ваш домашний каталог хранилищем Git, вам придется игнорировать почти все файлы по умолчанию и либо добавьте исключения, либо добавьте новые файлы с git add -f, либо каждый файл в любом месте вашего домашнего каталога будет считаться неотслеживаемым файлом в вашем хранилище. Использование чистого репо со специальным псевдонимом означает, что по умолчанию ваш домашний каталог не будет считаться репозиторием, что позволит избежать всех этих проблем.
Другой вариант, который вы можете использовать, - это использовать обычный репозиторий, расположенный в другом месте, и есть скрипт или Makefile для копирования файлов на место.