Обратите внимание на имя неотслеживаемого файла:
../application.pdb
Обратите особое внимание, что это имя начинается с ..
.
Команда git clean
работает из текущего каталога :
$ touch foo
$ git clean -n
Would remove foo
$ cd Documentation
$ git clean -n
$ git clean -f
$ git status
On branch master
Your branch is up to date with 'origin/master'.
Untracked files:
(use "git add <file>..." to include in what will be committed)
../foo
nothing added to commit but untracked files present (use "git add" to track)
$ cd ..
$ git clean -f
Removing foo
$ git status
On branch master
Your branch is up to date with 'origin/master'.
nothing to commit, working tree clean
Когда вы установили обновленный Git (в любом случае, неплохая идея), вы, несомненно, вернулись к верхний уровень хранилища.