Бесконечный л oop? Не могу заставить python остановиться - PullRequest
Новая
       80

Бесконечный л oop? Не могу заставить python остановиться

0 голосов
/ 03 мая 2020

Когда я пытаюсь запустить этот код, он никогда не заканчивается, и я думаю, что он где-то застрял, но я не слишком уверен, так как я новичок в python. 

import re
codon = []
rcodon = []

dataset = "ggtcagaaaaagccctctccatgtctactcacgatacatccctgaaaaccactgaggaagtggcttttcagatcatcttgctttgccagtttggggttgggacttttgccaatgtatttctctttgtctataatttctctccaatctcgactggttctaaacagaggcccagacaagtgattttaagacacatggctgtggccaatgccttaactctcttcctcactatatttccaaacaacatgatga"
startcodon=0
n=0
print ("DNA sequence: ", dataset)

def find_codon(codon, string, start):
    i = start + 3
    while i < len(string):
        i = string.find(codon, i) # find the next substring
        if (i - start) % 3 == 0:  # check that it's a multiple of 3 after start
            return i
    return None

while(n < 1):
    startcodon=dataset.find("atg", startcodon)
    #locate stop codons
    taacodon=find_codon("taa", dataset, startcodon)
    tagcodon=find_codon("tag", dataset, startcodon)
    tgacodon=find_codon("tga", dataset, startcodon)

    stopcodon = min(taacodon, tagcodon, tgacodon)
    codon.append(dataset[startcodon:stopcodon+3])
    if(startcodon > len(dataset) or startcodon < 0):
        n = 2;
    startcodon=stopcodon
#reverse the string and swap the letters
n=0;
while(n < len(codon)):
        rcodon.append (codon[n][len(codon[n])::-1])
        #replace a with u
        rcodon[n] = re.sub('a', "u", rcodon[n])
        #replace t with a
        rcodon[n] = re.sub('t', "a", rcodon[n])
        #replace c with x
        rcodon[n] = re.sub('c', "x", rcodon[n])
        #replace g with c
        rcodon[n] = re.sub('g', "c", rcodon[n])
        #replace x with g
        rcodon[n] = re.sub('x', "g", rcodon[n])
        print("DNA sequence: ", codon[n] ,'\n', "RNA sequence:", rcodon[n])
        n=n+1
answer = 0
print("Total Sequences:  ", len(codon)-3)
while (int(answer) >=0):
        #str = "Please enter an integer from 0 to " + str(len(dataset)) + " or -1 to quit: "
        answer = int(input("Please enter a sequence you would like to see or -1 to quit:  "))
        if(int(answer) >= 0):
                print("DNA sequence: ", codon[int(answer)] ,'\n', "RNA sequence:", rcodon[int(answer)])

Любой совет будет полезен ,

Это проект о транскрипции ДНК БЕЗ био python Цель: создать программу, которая может найти «atg» в последовательности ДНК, а затем найти последовательность остановок (tga, taa или tag) при подсчете троек от начального atg.

edit: я хочу, чтобы программа выдала мне последовательности между atg и стоп-кодоном, как мой оригинальный код. Мой оригинальный код, однако, не рассматривал возможность перехода на 3 от атга, чтобы найти правильную последовательность остановок.

мой оригинальный код: 

import re
codon = []
rcodon = []


dataset = "ggtcagaaaaagccctctccatgtctactcacgatacatccctgaaaaccactgaggaagtggcttttcagatcatcttgctttgccagtttggggttgggacttttgccaatgtatttctctttgtctataatttctctccaatctcgactggttctaaacagaggcccagacaagtgattttaagacacatggctgtggccaatgccttaactctcttcctcactatatttccaaacaacatgatga"
startcodon=0
n=0
while(n < 1):
    startcodon=dataset.find("atg", startcodon, len(dataset)-startcodon)
    #locate stop codons
    taacodon=dataset.find("taa", startcodon+3, len(dataset)-startcodon)
    tagcodon=dataset.find("tag", startcodon+3, len(dataset)-startcodon)
    tgacodon=dataset.find("tga", startcodon+3, len(dataset)-startcodon)
    if(taacodon<tagcodon):
        if(taacodon<tgacodon):
            stopcodon=taacodon
            #print("taacodon", startcodon)
        else:
            stopcodon=tgacodon
            #print("tGacodon", startcodon)

    elif(tgacodon>tagcodon):
        stopcodon=tagcodon
        #print("taGcodon", startcodon)
    else:
        stopcodon=tgacodon
        #print("tGacodon", startcodon)
    #to add sequences to an array
    codon.append(dataset[startcodon:stopcodon+3])
    if(startcodon > len(dataset) or startcodon < 0):
        n = 2;
    startcodon=stopcodon

#reverse the string and swap the letters
n=0;
while(n < len(codon)):
        rcodon.append (codon[n][len(codon[n])::-1])
        #replace a with u
        rcodon[n] = re.sub('a', "u", rcodon[n])
        #replace t with a
        rcodon[n] = re.sub('t', "a", rcodon[n])
        #replace c with x
        rcodon[n] = re.sub('c', "x", rcodon[n])
        #replace g with c
        rcodon[n] = re.sub('g', "c", rcodon[n])
        #replace x with g
        rcodon[n] = re.sub('x', "g", rcodon[n])
        print("DNA sequence: ", codon[n] ,'\n', "RNA sequence:", rcodon[n])
        n=n+1
answer = 0
print("Total Sequences:  ", len(codon)-3)
while (int(answer) >= 0):
        #str = "Please enter an integer from 0 to " + str(len(dataset)) + " or -1 to quit: "
        answer = int(input("Please enter an sequence you would like to see or -1 to quit:  "))
        if(int(answer) >= 0):
                print("DNA sequence: ", codon[int(answer)] ,'\n', "RNA sequence:", rcodon[int(answer)])

1 Ответ

2 голосов
/ 03 мая 2020

Проблема, с которой вы сталкиваетесь в отношении бесконечного l oop, связана с тем, что вы заметили, что если вы нашли возможное i, а не кратное 3, вы должны добавить к нему 3, в противном случае i = string.find(codon, i) вернет то же самое значение i, исправление должно быть: 

def find_codon(codon, string, start):
    i = start + 3
    while i < len(string):
        i = string.find(codon, i) # find the next substring
        if (i - start) % 3 == 0:  # check that it's a multiple of 3 after start
            return i
        else:
            i += 3
    return None

После этого у вас возникнет проблема с использованием min со значением None, и вы получите следующую ошибку:

stopcodon = min (taacodon, tagcodon, tgacodon) TypeError: '<' не поддерживается между экземплярами 'NoneType' и 'int' </p>

, вы должны установить возвращаемое значение для некоторого большого числа, которое будет указывать, что ничего не было найдено, а не None

...