Наряду с тем, что Найджел Рен уже прокомментировал выше, мы хотим, чтобы наш код мог повторно использоваться. Если кто-то собирается использовать ваш код или вы возвращаетесь к своему коду после нескольких недель, не касаясь его, очень помогает наличие логической файловой структуры, в которой каждый файл четко сообщает о своей цели. Посмотрите, например, на внешние библиотеки: если они помещают функции, которые никак не связаны, в один файл, нам, разработчикам, будет гораздо сложнее их использовать. Поэтому наличие логической структуры помогает, когда вы используете чужой код.