Эта проблема исправлена. На самом деле, я забыл использовать правильные соглашения об именах. Проблема состояла в том, что spring перекрывала первичный источник данных с вторичным, поскольку все конфигурации были в одном пакете. И вторая проблема заключалась в том, что я неправильно указывал постоянство при создании сущности управления предприятием. Он должен быть таким же, как Mysql база данных.
Надеюсь, это кому-нибудь поможет.