объект 'wrap_plots' не экспортируется с помощью 'namespace: patchwork' - PullRequest
Новая
       28

объект 'wrap_plots' не экспортируется с помощью 'namespace: patchwork'

1 голос
/ 04 мая 2020

Я пытаюсь загрузить пакет "Seurat" в R, пакет установлен, и теперь он находится в моем списке пакетов. 

** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (patchwork)

The downloaded source packages are in
    ‘C:\Users\parnian\AppData\Local\Temp\RtmpAVgSd8\downloaded_packages’

Но когда я пытаюсь вызвать его (библиотека (Seurat )) Я получаю следующую ошибку: 

> library(Seurat)
Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’:
 object ‘wrap_plots’ is not exported by 'namespace:patchwork'

Я читаю похожие вопросы и устанавливаю вручную "лоскутное одеяло": 

 > install.packages("patchwork")
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:

https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/
Installing package into ‘C:/Users/parnian/Documents/R/win-library/4.0’
(as ‘lib’ is unspecified)

R также говорит мне установить Rtools, который у меня есть, но когда я выполняю следующие команды: 

> writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")

в rtools40 / home больше нет папок. Я не получаю usr \ bin ... по указанному выше адресу. но когда я хочу убедиться, что make можно найти (Sys.which("make")), я получаю следующее: 

> Sys.which("make")
make 
  ""

Также загруженные пакеты Seurat сохраняются в месте, которое даже не существует в мой компьютер! Как это возможно? Как я могу это исправить?

Спасибо

1 Ответ

0 голосов
/ 06 мая 2020

У меня была такая же проблема. Оказывается, в R есть два «лоскутных» пакета. Я получил подсказку, что это была проблема из ответа, предоставленного здесь (https://github.com/satijalab/seurat/issues/2818)

Другое обновление имеет текущее обновление 2.4. Итак, что вам нужно сделать, это удалить текущее пэчворк и использовать

devtools :: install_github ("thomasp85 / patchwork")

Я сделал это, и это решило проблему!

...