Вы можете создать файл .desktop, который запускает программу при нажатии на нее.
Пример файла рабочего стола:
[Desktop Entry]
Name=Application Name
Exec=python /path/to/file.py
Icon=/path/to/icon
Terminal=true
Изменить Terminal=true
на Terminal=false
если вы не хотите, чтобы он запускал терминальную сессию и отображал только GUI (если есть GUI).