Использование ggplot для отображения доверительных интервалов

Question

Я новичок в R. И у меня проблемы с прорисовкой. Буду признателен за вашу помощь.

Вот задача

Мне нужно построить график средних значений и доверительных интервалов 99% (на основе t-распределения ) из набора данных кукушек из пакета DAAG.

Вот мое решение

ggplot(data=cuckoos, aes(x=species, y=length, colour=species)) + stat_summary(geom='pointrange', fun.args = list(mult=1)) + theme_dark() + theme(legend.position="none", axis.text = element_text(size=10), axis.text.x = element_text (angle = 45, hjust = 1))+ scale_colour_brewer(palette = "Pastel1")+ coord_cartesian(ylim=c(21,24))

Доверительные интервалы полученного графика не соответствуют правильному ответу (см. изображения прилагаются). В чем может быть проблема?

Answer 1

Функция по умолчанию для функции stat_summary - mean_se, что означает, что вы фактически получаете среднее значение и стандартное отклонение. Если вы хотите рассчитать доверительный интервал 99%, вам нужно использовать функцию mean_cl_normal и указать, что вы хотите получить доверительный интервал 0,99 вместо значения по умолчанию 0,95.

ggplot(data= DAAG::cuckoos, aes(x=species, y=length, colour=species)) +
    stat_summary(geom='pointrange', fun.data = "mean_cl_normal", fun.args = list(conf.int = 0.99)) + 
    theme_dark() + 
    theme(legend.position="none", axis.text = element_text(size=10), axis.text.x = element_text (angle = 45, hjust = 1)) +
    scale_colour_brewer(palette = "Pastel1") +
    coord_cartesian(ylim=c(21,24))