Не уверен, поможет ли это, но вы можете попытаться уменьшить размер «правой стороны» объединения, предварительно отфильтровав электронные письма:
SELECT
WD.IdentityUserID,
WD.Email,
T.mail
FROM WD
INNER JOIN
(
SELECT
mail,
GGDComputerUserId
FROM AD
WHERE
mail Not In (SELECT EMAIL FROM WD)
) T
ON WD.IdentityUserID = T.GGDComputerUserId;
(В случае, если запрос уже выполняется оптимизирован для этого, тогда это не будет иметь никакого значения, хотя)