К сожалению, вы не можете указать CLR, какой файл вы хотите загрузить в качестве конфигурации времени выполнения. Среда выполнения ищет конфигурацию xml в следующем порядке:
- конфигурация приложения
- конфигурация машины
Поиск выполняется каждый раз, когда CLR требуется информация из конфигурации, например, связывание перенаправлений и местоположений сборки при загрузке сборки.
В основном это часть процесса загрузки сборки, и лучше оставить ее как есть. Вы можете прочитать больше об этом здесь: https://docs.microsoft.com/en-us/dotnet/framework/deployment/how-the-runtime-locates-assemblies
Редактировать: Тем не менее, вы можете жить без файла конфигурации. Вы сказали, что у вас есть все ваши сборки, встроенные в сборку exe, и вы загружаете все через собственный распознаватель. Обратите внимание, что пользовательский распознаватель сборок вызывается только тогда, когда конвейер стандартного разрешения не может загрузить сборку. Посмотрите на этот ответ: { ссылка }