Сегодня большинство языков / платформ (Java, .NET, PHP, Perl и т. Д.) Могут работать практически с любой СУБД (SQL Server, Firebird, MySQL, Oracle, PostgresSQL и т. Д.), Поэтому я не стал бы беспокоиться ни на секунду. Конечно, могут быть глюки и небольшие проблемы, но пока что нет.
Как рекомендует jalcom, вам следует программировать с использованием набора интерфейсов или хотя бы набора базовых классов (DbConnection, DbCommand и т. Д.), Чтобы иметь легко адаптируемое приложение.