Просто запустите туннель SSH и используйте локальный порт в качестве порта MySQL.
Например, вы запускаете туннель следующим образом:
ssh -f user@mysql-server.com -L 3306:mysql-server.com:3306 -N
И вы можете подключиться к MySQL следующим образом,
$conn = mysql_connect('localhost', 'mysql_user', 'mysql_password');
Для zend_db, вы делаете это,
$config = new Zend_Config(
array(
'database' => array(
'adapter' => 'Mysqli',
'params' => array(
'host' => 'localhost',
'dbname' => 'my_db',
'username' => 'mysql_user',
'password' => 'mysql_password',
)
)
)
);
$db = Zend_Db::factory($config->database);