Я использовал пакет g3viz для анализа данных мутации с использованием R в RStudio, в частности, для создания графиков леденцов на палочке. Я использовал функцию g3Lollipop для генерации интерактивных графиков леденцов, которые появляются в окне просмотра без каких-либо проблем.
Казалось, что все работало нормально, пока я не обновил R до версии 4.0.0. Теперь, когда я использую функцию g3Lollipop для генерации графика, иногда происходит сбой, генерируя белый фон в окне просмотра без графика. Когда это происходит, я заметил, что загрузка ЦП увеличивается примерно на 20% (как видно в диспетчере задач) и остается заблокированной на этом уровне, пока я не закрою RStudio и R. Каждый раз, когда функция завершается ошибкой, ЦП использует скачки на еще 20% до тех пор, пока загрузка процессора не достигнет ~ 99%, и все это объясняется «rsession» в диспетчере задач. Это приводит к значительному замедлению работы моего компьютера, и единственный способ решить его и остановить использование R всей мощности процессора - это отключить его.
Несколько ключевых моментов информации / вещей, которые я попробовал:
Информация о системе
- Имя ОС Microsoft Windows 7 Enterprise
- Версия 6.1.7601 с пакетом обновления 1, сборка 7601
- Производитель системы Hewlett-Packard
- Модель системы HP EliteDesk 800 G1 SFF
- Тип системы x64 на базе P C
- Процессор Intel (R) Core (TM) i7- 4770 CPU @ 3,40 ГГц, 3401 МГц, 4 ядра (-ей), 8 логических процессоров
- B IOS Версия / Дата Hewlett-Packard L01 v02.33, 15/07/2014
- SMB IOS Версия 2.7
- Установленная физическая память (ОЗУ) 16,0 ГБ
- Общая физическая память 15,9 ГБ
- Доступная физическая память 9,13 ГБ
- Общая виртуальная память 31,8 ГБ
- Доступная виртуальная память 25,1 ГБ
Вот минимальный рабочий пример:
# load the package
library(g3viz)
# download data
mutation_data <- getMutationsFromCbioportal("msk_impact_2017", "BRAF")
# default chart theme
plot.options <- g3Lollipop.theme(theme.name = "default",
title.text = "BRAF")
# generate plot
g3Lollipop(mutation_data,
gene.symbol = "BRAF",
plot.options = plot.options)
Кажется, проблема не возникает, если я использую базу R без RStudio, так как g3Lollipop загружает график прямо в мой веб-браузер (Chrome). Похоже, что-то связано с тем, что g3Lollipop не может сгенерировать график в средстве просмотра RStudio, но выполнение зависает, так что он все еще использует питание процессора.
Любая помощь по этой проблеме будет принята с благодарностью!