Решено.
По поводу моего первоначального запроса:
function userConnect(req, res){
...
res.setHeader('Clear-Site-Data', '"cache", "storage"');
....
Но сейчас я использую:
const serverStarted = moment().unix();
....
app.get("*",function(req, res, next){
if (req.session&&req.session.serverStarted!=serverStarted) {
res.setHeader('Clear-Site-Data', '"cache", "storage"');
req.session.serverStarted = serverStarted;
}
next();
})