Есть ли способ вызвать PubChem API In python? - PullRequest
Новая
       139

Есть ли способ вызвать PubChem API In python?

0 голосов

Я использую PubChem API для преобразования химических смайлов в структуру, но все еще есть ошибка.

Вот мой гугл колаб, который я пытаюсь использовать с изображением PIL плюс TKinter

https://colab.research.google.com/drive/1TE9WxXwaWKSLQzKRQoNlWFqztVSoIxB7

Мой желаемый вывод должен быть в формате структуры, подобном этому

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/smiles/O=C (N1C = CN = C1) N2C = CN = C2 / PNG? Record_type = 2d & IMAGE_SIZE = большой

1 Ответ

1 голос
/ 05 мая 2020

Загрузка и отображение в ноутбуке Jupyter 

from urllib.request import urlretrieve
from IPython.display import Image

smiles = 'NC1=NC(C)=C(C2=CC=C(S(=O)(C)=O)C(F)=C2)S1'
urlretrieve('https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/smiles/'+smiles+'/PNG', 'smi_pic.png')
p = Image(filename='smi_pic.png')
p

Вывод

structure

...