Groups Names COL1 COL2 COL3 COL4
1 G1 SP1 1 0.400 0.500 Sequence1
2 G1 SP1 1 0.004 0.005 Sequence2
3 G1 SP1 0 0.004 0.005 Sequence3
4 G1 SP2 0 0.400 0.005 Sequence123
5 G1 SP2 0 0.004 0.500 Sequence14
6 G1 SP3 0 0.005 0.006 Sequence15
7 G1 SP5 1 0.400 0.006 Sequence16
8 G1 SP6 1 0.008 0.002 Sequence20
10 G2 Sp1 0 0.004 0.005 Sequence17
11 G2 SP1 0 0.050 0.600 Sequence18
12 G2 SP1 0 0.400 0.600 Sequence3
13 G2 SP2 0 0.004 0.005 Sequence22
14 G2 SP2 0 0.004 0.005 Sequence23
15 G2 SP5 0 0.004 0.005 Sequence16
16 G2 SP6 0 0.003 0.002 Sequence21
17 G2 SP7 0 0.560 0.760 Sequence67
Вот dput:
dput(test_df)
structure(list(Groups = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("G1", "G2"), class = "factor"),
Names = structure(c(2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 2L,
2L, 3L, 3L, 5L, 6L, 7L), .Label = c("Sp1", "SP1", "SP2",
"SP3", "SP5", "SP6", "SP7"), class = "factor"), COL1 = c(1L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
), COL2 = c(0.4, 0.004, 0.004, 0.4, 0.004, 0.005, 0.4, 0.008,
0.004, 0.05, 0.4, 0.004, 0.004, 0.004, 0.003, 0.56), COL3 = c(0.5,
0.005, 0.005, 0.005, 0.5, 0.006, 0.006, 0.002, 0.005, 0.6,
0.6, 0.005, 0.005, 0.005, 0.002, 0.76), COL4 = structure(c(1L,
8L, 13L, 2L, 3L, 4L, 5L, 9L, 6L, 7L, 13L, 11L, 12L, 5L, 10L,
14L), .Label = c("Sequence1", "Sequence123", "Sequence14",
"Sequence15", "Sequence16", "Sequence17", "Sequence18", "Sequence2",
"Sequence20", "Sequence21", "Sequence22", "Sequence23", "Sequence3",
"Sequence67"), class = "factor")), class = "data.frame", row.names = c("1",
"2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "10", "11", "12", "13", "14",
"15", "16", "17"))
and from this dataf
rame. Мне нужно получить другой фрейм данных, такой как:
G1 G2
SP1 A B
SP2 x x
SP3 x NA
SP4 NA NA
SP5 A X
SP6 a x
SP7 NA b
Идея состоит в том, чтобы каждая группа добавляла Имена, которые присутствуют в строке и добавляют буквы A, B, X или NA в ячейках и верхнем или нижнем регистре, будут зависеть, если мы найдем значение identi c COL4 для хотя бы одного вида в группах anotger.
- A ставится, когда
any строка для Name имеет COL1 >0 И существует хотя бы одно Имя, которое имеет такое же содержимое COL4, что и одно и то же Имя в разных группах - a ставится, когда строка
any для Name имеет COL1 >0 И нет имен, которые имеют такое же содержимое COL4, что и то же имя в других группах - B когда
any строка для Name имеет COL1=0 И COL2 AND COL3 > 0.05 И есть хотя бы одно Имя, имеющее такое же содержание COL4, что и одно и то же Имя в разных группах - b ставится, когда
any строка для Name имеет COL1=0 И COL2 AND COL3 > 0.05 И нет Na mes, которые имеют одинаковое COL4 содержимое с тем же именем в разных группах - X ставится, когда
all строка для Name имеет COL1=0 AND COL2``OR COL3 > 0.05 AND существует по крайней мере одно имя, которое имеет одинаковое COL4 содержимое с тем же именем в разных группах - x ставится, когда строка
all для Name имеет COL1=0 AND COL2 OR COL3 > 0.05 AND нет Имен, имеющих одинаковое содержание COL4 с тем же Именем в разных группах - NA ставится, когда в * нет
Name 1062 *
давайте рассмотрим 4 примера:
1) Для G1-SP1 мы видим, что у row1 есть COL1 > 0, тогда у него будет буква A или a в новом фрейме данных. Теперь, чтобы узнать, будет ли это A или a, мы должны взглянуть на COL4, мы видим в row12, что Sequence3 также присутствует в G2 для SP1, так что это будет 'A'
2) Мы видим для G2-SP1, что row12 имеет COL2 и COL3 равны > 0.05, тогда он будет иметь буква B или b в новом кадре данных. И это будет B, потому что в G1, row3 Sequence3 также присутствует в G2 для SP1.
3) Мы видим для G2-SP2, что ни одна строка не имеет COL1 >0X или COL2 и COL3 равны > 0.05, тогда она будет иметь букву B или x в новый фрейм данных. И это будет x, потому что никакие другие SP2 в других Groups не имеют одинаковую последовательность `(Sequence22, Sequence23 или Sequence24)
4) Мы видим для G1-SP6, что row8 имеет COL1 > 0, тогда в новом фрейме данных будет буква A или a. И это будет a, потому что никакие другие SP1 в других Groups не имеют такой же последовательности (Sequence20)
`
Для этого я попытался:
Env_table<-as.data.frame(test_df) %>%
group_by(Groups,Names) %>%
mutate(Env_variable = replace_na(COL1, "."),
Env_variable = ifelse(any(COL1 >=1) , "A", Env_variable)) %>%
mutate(Env_variable = ifelse(all(COL1 ==0 ) && all(COL2 >0.05) && all(COL3 >0.05) , "B", Env_variable)) %>%
mutate(Env_variable = ifelse(all(COL1 ==0 ) && all(COL2 <0.05) && all(COL3 <0.05) , "X", Env_variable)) %>%
mutate(Env_variable = ifelse(all(COL1 ==0 ) && all(COL2 <0.05) && all(COL3 >0.05) , "X", Env_variable)) %>%
mutate(Env_variable = ifelse(all(COL1 ==0 ) && all(COL2 >0.05) && all(COL3 <0.05) , "X", Env_variable)) %>%
mutate(Env_variable = ifelse(all(COL1 ==0) && all(!is.na(COL1)) && all(COL2 >0.05) && all(COL3 >0.05) , "*", Env_variable))%>%
slice(1) %>%
pivot_wider(id_col = Names, names_from = Groups, values_from = Env_variable) %>%
arrange(as.integer(str_extract(Names, "\\d+")))
, где Env_variable - пустой столбец, в котором будут храниться значения A, B, X или NA.
Спасибо за вашу помощь