По сути, у меня есть рабочий процесс perl, который запускает набор из java инструментов через системную команду (picard в GATK4 для тех из вас, кто знаком с программным обеспечением Broad Institute). Эти команды gatk4 возвращают код 0 в случае успеха. Когда я запускаю рабочий процесс perl вручную (RHE7.6), все, кажется, проходит нормально.
Однако процессы Gatk4, которые возвращают 0 в случае успеха, терпят неудачу, когда тот же рабочий процесс выполняется как часть задания cron, например:
0,15,30 * * * * / usr / bin / flock -n /tmp/QAQC.lock - c "/ seq / QAQC /bin/launch_QAQC.pl 1 >> launch_QAQ C .log 2 >> launch_QAQ C .err "
Я подозреваю, что что-то о запуске flock с параметром - c вызывает эти задания (и, следовательно, конвейер perl) необходимо прервать.
Мы будем очень признательны за любые идеи, которые вы можете предоставить.
Спасибо
РЕДАКТИРОВАТЬ: Выяснил Решение проблемы в том, что проблема не во флоке. Cron не видел те же переменные env, что и интерактивная оболочка.