Конечно, можно. Вот пример:
m <- matrix(c(1,2,3,4),4,4, byrow = TRUE)
> m
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 2 3 4
[2,] 1 2 3 4
[3,] 1 2 3 4
[4,] 1 2 3 4
m[,4] <- m[,4] - c(5,5,5,5)
, что дает:
> m
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 2 3 -1
[2,] 1 2 3 -1
[3,] 1 2 3 -1
[4,] 1 2 3 -1