Если вы просто пытаетесь учиться, я бы посоветовал вам использовать cli.
Основное различие между init-native init и expo заключается в том, что вы не можете добавлять собственные модули и не можете использовать пакеты с родной язык, требующий ссылки. В целом, если вы создаете небольшой проект, для которого не требуются функции, указанные в cli, go для expo. Но если вы создаете прилично большой проект или просто пытаетесь научиться реагировать на native, я бы выбрал cli. ИМХО