Проблема в том, что [^ abc] - это синтаксис, соответствующий чему угодно, кроме символов 'a', 'b' или 'c'. Вам нужно будет изменить свой шаблон на что-то вроде:
String t = "(^|[_ ])the[ _$]";
Обратите внимание, что экранирование символа '^' не работает:
String t = "[\\^_ ]the[ _$]";
Так как это будет интерпретироваться как буквальный символ '^', а не начало ввода.
РЕДАКТИРОВАТЬ: кстати, такая же проблема существует с символом '$', поэтому вам потребуется:
String t = "(^|[_ ])the([ _]|$)";