(Windows) Я обнаружил, что в моей системе использование pip в соответствии с рекомендациями (через pip install x) не работает ни для одного пакета, однако использование conda as не рекомендуется (через conda install) в командная строка позволила мне установить scipy для GMS.
Также убедитесь, что вы запускаете командную строку в режиме администратора.