Добавляя второй элемент, вы просто добавляете его в документ, а не во вновь созданный <bodysec>
элемент ....
$XMLDoc->appendChild($element);
Вам нужно убедиться, где вы добавляете любой новый элемент ...
$bodysec = $XMLDoc->createElement( 'soap:bodysec');
$XMLDoc->appendChild($element);
$line = $XMLDoc->createElement( 'ns:line', 'text');
$bodysec->appendChild($line);
Одна вещь, которую я обычно делаю, - это использую имя тега для переменной, которую я назначаю, это помогает, как вы можете видеть в последней строке, она показывает logi c добавления строки к элементам bodyse c.