Должно работать нормально, если все сериализуемо. Что вы подразумеваете под «потерянным» указателем (под которым я предполагаю, что вы подразумеваете ссылку)?
Не могли бы вы предоставить короткую, но полную программу, которая демонстрирует проблему? По общему признанию двоичная сериализация Java иногда может быть трудной, но это должно хорошо работать из коробки.