Считается, что это ошибка регрессии, см. GH33317 . Хорошая новость в том, что это исправлено в pandas 1.1.
pd.__version__
# '1.1.0.dev0+2004.g8d10bfb6f'
pd.Series([1, pd.NA], dtype='Int8').value_counts(normalize=True)
1 1.0
dtype: float64
Другие примеры
s = pd.Series([1, 1, 1, 2, 2, 3, pd.NA], dtype='Int8')
s.value_counts()
1 3
2 2
3 1
dtype: Int64
s.value_counts(normalize=True)
1 0.500000
2 0.333333
3 0.166667
dtype: float64
s.value_counts(normalize=True, dropna=False)
1 0.428571
2 0.285714
NaN 0.142857
3 0.142857
dtype: float64