Как добавить шрифт itali c в дендрограмму с помощью пакета factoextra? - PullRequest
Новая
       38

Как добавить шрифт itali c в дендрограмму с помощью пакета factoextra?

0 голосов
/ 05 мая 2020

Используя функцию fviz_dend() пакета factoextra, я создал дендограмму, которую можно увидеть на изображении в конце вопроса.

Однако я не могу выделить названия каждого вида курсивом. Я тестировал функцию element_text(face = 'italic'), но она работает только для заголовка оси Y. Если у кого-то есть предложения оставить название вида курсивом, я благодарю.

Я считаю, что это связано с функцией fviz_dend(), но я ничего об этом не нашел. Ниже можно найти код, который я использовал, сгенерированное изображение и некоторые ссылки, которые я использовал в надежде найти что-нибудь об этом.

Создание таблицы и подготовка данных для построения дендрограммы: 

# creating variables
Saccharomyces_cerevisiae <- c(67, 37, 88, 15, 46)
Drosophila_melanogaster <- c(134, 121, 93, 133, 104)
Caenorhabditis_elegans <- c(160, 169, 182, 179, 174)
Xenopus_tropicalis <- c(197, 200, 154, 165, 163)
Mus_musculus <- c(67, 48, 64, 16, 36)
Danio_rerio <- c(176, 189, 200, 152, 184)

# creating data.frame
df <- data.frame(Saccharomyces_cerevisiae,
                 Drosophila_melanogaster,
                 Caenorhabditis_elegans,
                 Xenopus_tropicalis,
                 Mus_musculus,
                 Danio_rerio)

# naming the lines
rownames(df) <- c("ion1","ion2","ion3","ion4","ion5")

# standardizing by columns
df <- scale(df)

# converting columns to rows
df <- t(df)

# generating distance matrix of lines
df.dist <- dist(df, method = "euclidean")

# cluttering
hca <- hclust(df.dist, method = "ward.D2" )

Построение дендрограммы: 

# Loading packages
library(factoextra)
library(ggplot2)

# Creating dendrogram
fviz_dend(hca,
          cex = 0.4,
          k = 2,
          labels_track_height = -0.485,
          k_colors = c("blue","#006600"),
          rect = TRUE,
          rect_fill = TRUE, 
          rect_border = c("blue","#006600"),
          color_labels_by_k = TRUE,
          main = "",
          ylab = "Linkage distance",
          xlab = "") +
  scale_y_continuous(breaks = seq(-12, 5, by = 1), limits=c(-12,5)) +
  theme_classic() + 
  theme(axis.title.y = element_text(size = rel(0.7), color = "black", face = 'italic'),
        axis.title.x = element_text(size = rel(0.7), color = "black"),
        axis.text.x = element_text(size = rel(0.5),color = "black"),
        axis.text.y = element_text(size = rel(0.5),color = "black")) +
  ggsave("dendrogram.png", width = 5, height = 5, units = "cm", dpi=300)

Дендрограмма

enter image description here

Некоторые источники, которые я искал:

https://www.rdocumentation.org/packages/factoextra/versions/1.0.7/topics/fviz_dend

https://cran.r-project.org/web/packages/factoextra/factoextra.pdf

https://www.datanovia.com/en/lessons/examples-of-dendrograms-visualization/

http://www.sthda.com/english/wiki/beautiful-dendrogram-visualizations-in-r-5-must-known-methods-unsupervised-machine-learning

1 Ответ

1 голос
/ 07 мая 2020

Я нашел решение в очень похожем посте:

Как сделать шрифты диаграмм курсивом? (пакет ggplot2 и factoextra)

Решение ниже: 

# Loading packages
library(factoextra)
library(ggplot2)

# creating dendrogram
graph <- fviz_dend(hca,
          cex = 0.4,
          k = 2,
          labels_track_height = -0.485,
          k_colors = c("blue","#006600"),
          rect = TRUE,
          rect_fill = TRUE, 
          rect_border = c("blue","#006600"),
          color_labels_by_k = TRUE,
          main = "",
          ylab = "Linkage distance",
          xlab = "") +
  scale_y_continuous(breaks = seq(-12, 5, by = 1), limits=c(-12,5)) +
  theme_classic() + 
  theme(axis.title.y = element_text(size = rel(0.7), color = "black", face = 'italic'),
        axis.title.x = element_text(size = rel(0.7), color = "black"),
        axis.text.x = element_text(size = rel(0.5),color = "black"),
        axis.text.y = element_text(size = rel(0.5),color = "black"))

# solution
graph$layers[[2]]$aes_params$fontface <- "italic"

# plotting
graph

# saving
ggsave("dendrogram.png", width = 5, height = 5, units = "cm", dpi=300)
...