Возможно, это не связано с этой проблемой, но вы должны знать, что Eclipse лжет о содержимом своих папок. Точнее, он сообщает о содержимом внутренних моделей всех папок (т. Е. Содержащихся в нем файлов и подпапок) и обновляет это внутреннее представление только при явном обновлении представления в графическом интерфейсе.
Особенно, когда вы манипулируете файлами вне Eclipse или используете инструменты, запущенные из Eclipse, но не связанные напрямую с Eclipse, БУДУТ различия, о которых Eclipse не знает.