Немного длинно для комментария.
Синтаксис для INPUT
неправильный, вы получите предупреждение об этом при запуске doxygen.
INPUT
должно быть либо :
INPUT = MyDoxy/Src MyDoxy/Inc
или
INPUT = MyDoxy/Src \
MyDoxy/Inc
или
INPUT = MyDoxy/Src
INPUT += MyDoxy/Inc
В каком каталоге вы запускали doxygen?