Если вы ожидаете такой результат:
Count
A 102
B 880
C 5
D 598
E 14
F 38
Вы можете использовать pd.concat
import pandas as pd
df1 = pd.DataFrame([{ 'A': 102, 'B': 880 }])
df1 = df1.transpose()
df1.columns = ['Count']
df2 = pd.DataFrame([('C', 5), ('D', 598), ('E', 14), ('F', 38)] ,columns =['C', 'Count']).set_index('C')
result_df = pd.concat([df1, df2])