Я думаю, вы можете попробовать настроить регулярное выражение так, чтобы оно соответствовало «// MARK -» с символами новой строки, предшествующими ему и идущими после него.
Чтобы убедиться, что SwiftLint применяет это только к комментариям, вы можете установить «match_kinds» только комментарии к yml-файлу SwiftLint.