Я создаю график основных координат из данных DAP C с использованием пакета adegenet в R. Для построения графика используются следующие данные:
> dapc_MG$ind.coord
LD1 LD2
MGUD1 -9.405524 -0.092446808
MGUD2 -10.178221 -0.077018828
MGUD3 -8.004493 -0.223172024
MGUD4 -8.740758 -0.091989157
MGUD5 -8.891316 -0.136248422
MGUD6 -8.105366 0.957238296
MGUD7 -8.832198 -0.345634729
MGUD8 -8.484260 0.924628880
MGUD9 -8.978832 -0.126596011
MGUD10 -8.729387 -0.069143482
MGUD11 -7.211637 -0.104404732
MGUD12 -6.345985 -0.057321959
MGUD13 -8.660017 -0.113205115
MGUD14 -7.892150 -0.017548789
MGUD15 -8.813235 -0.073362348
MGUD16 -10.137858 -0.034488530
MGUD17 -8.462890 -0.069646135
MGUD18 -7.414354 -0.435114178
MGUD19 -10.067263 -0.109486111
MGUD20 -4.815789 -0.069918242
MGMD1 4.649435 0.149936267
MGMD2 4.074587 -1.355723783
MGMD3 3.862391 -1.150245800
MGMD4 5.095276 -0.243453670
MGMD5 3.388603 1.279395536
MGMD6 4.587423 0.110122511
MGMD7 5.805981 -1.688136390
MGMD8 5.992032 -1.625957602
MGMD9 3.836499 -0.429911284
MGMD10 3.632776 -0.663692457
MGMD11 4.846231 -0.620827242
MGMD12 4.648728 0.380656735
MGMD13 4.675340 0.096098822
MGMD14 4.109009 2.054348252
MGMD15 5.423083 1.925953017
MGMD16 5.661753 -1.321634663
MGMD17 4.473997 0.227259783
MGMD18 5.234144 2.154111222
MGMD19 5.347463 -1.500364562
MGMD20 4.844948 -2.150318949
MGLD1 3.750089 0.136716341
MGLD2 2.314980 -0.002332376
MGLD3 2.404047 0.001578862
MGLD4 2.878247 -0.574501378
MGLD5 4.289025 0.221731980
MGLD6 4.072082 -1.314282541
MGLD7 4.448515 -1.535511761
MGLD8 4.770242 1.864984067
MGLD9 4.727431 0.199772954
MGLD10 3.665372 -0.514571290
MGLD11 3.761236 0.118478439
MGLD12 2.740715 -0.779793448
MGLD13 4.993115 1.815394978
MGLD14 3.418433 -0.065471486
MGLD15 4.092151 1.864439810
MGLD16 4.390683 -0.201531790
MGLD17 3.004646 -0.807754677
MGLD18 3.453202 0.438770000
MGLD19 2.001394 1.956932251
MGLD20 4.806231 1.914213749
Используя пакет R base plot, Я создал базовый c график, который мне нужен: Plot_no_ellipse
plot(dapc_MG$ind.coord[,"LD1"], dapc_MG$ind.coord[,"LD2"],
col=cols_MG[grpMG$grp], pch=c(0:2)[pop(di_MG)],
lwd = 2, xlab="axis1", ylab="axis2")
# Change xlim and ylim to fit
plot(dapc_MG$ind.coord[,"LD1"], dapc_MG$ind.coord[,"LD2"],
col=cols_MG[grpMG$grp], pch=c(0:2)[pop(di_MG)],
lwd = 2, xlab="axis1", ylab="axis2", xlim=c(-11,10), ylim=c(-5, 5))
#Add background to plot
rect(par("usr")[1],par("usr")[3],par("usr")[2],par("usr")[4],col = "lightgray")
points(dapc_MG$ind.coord[,"LD1"], dapc_MG$ind.coord[,"LD2"],
col=cols_MG[grpMG$grp], pch=c(0:2)[pop(di_MG)],
lwd = 2, xlab="axis1", ylab="axis2", xlim=c(-11,10), ylim=c(-5, 5))
legend("topright", c(popsMG, clustersMG),
col = c(rep('black', 3), cols_MG), pch = c(0:2, rep(15, 5)),
lty = FALSE, lwd = 2, cex=0.764, pt.cex = 1.5, y.intersp=1.5, bg = "lightgray")
Используя dataEllipse из пакета car, я пытаюсь добавить групповые эллипсы, похожие на this :
Функция работает по желанию, но результат выполнения команды, которую я выполняю, дает меньший эллипс внутри больших, которые я пытаюсь нарисовать: Plot_with_ellipse
dataEllipse(x = dapc_MG$ind.coord[,"LD1"], y = dapc_MG$ind.coord[,"LD2"], groups = grpMG$grp,
center.pch = FALSE, grid = FALSE, plot.points = FALSE, add = TRUE,
col = cols_MG, lwd = 1)
Я тщательно проверил документацию для dataEllipse и, похоже, не могу определить, почему происходит это дублирование. Я уверен, что это не значение по умолчанию, поскольку этого не происходит с данными из примеров, которые они используют. Я предполагаю, что это должно быть связано с тем, как структурированы мои данные, но я зелен, когда дело доходит до обработки данных. Может ли кто-нибудь помочь мне определить источник моей проблемы?