Сначала преобразуйте строковое значение в input1 и input2 в число с плавающей запятой, удалив из него запятые.
Во-вторых, выполняйте математические вычисления, как хотите.
В-третьих, преобразуйте результаты обратно в строку, а затем отформатируйте ее с помощью запятых.
Обратитесь:
Удалите запятые из строки: { ссылка }
Форматирование числа с использованием запятых в качестве разделителей тысяч: { ссылка }
$(document).on("input", "#input1, #input2", function() {
var val1 = parseFloat($("#input1").val().replace(/,/g, ''));
var val2 = parseFloat($("#input2").val().replace(/,/g, ''));
var total = val1 * val2;
total = total.toString().replace(/\B(?=(\d{3})+(?!\d))/g, ",");
$("#input3").val(total);
});
<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery/3.3.1/jquery.min.js"></script>
<div>
<input id="input1" type="text" />
<input id="input2" type="text" />
<input id="input3" type="text" />
</div>