Это чистые предупреждения LaTeX, которые на самом деле имеют мало общего с подсчетом ПРИМЕЧАНИЕ, ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ или ОШИБКИ CRAN.
Эти предупреждения LaTeX могут поступать из разных установок LaTeX, версий пакетов LaTeX, разных (или отсутствующих) шрифтов и так далее.
К сожалению, CRAN не «публикует sh» их точную тестовую настройку как изображение Docker, поэтому мы не можем «точно» воспроизвести. Поэтому при интерпретации результата требуется некоторая осторожность, которую ... в приведенном выше случае вы, вероятно, можете проигнорировать.
Есть другие способы подавить их. Один из них - не запускать повторно сборку LaTeX и включать готовый pdf-файл. Это немного драсти c (но я делаю это в нескольких пакетах), и эй, вы просили избавиться от предупреждений :)
Edit: Кстати, еще один способ точно настроить вашу настройку Travis CI - запустить ее в контейнере Docker, который вы предоставляете или указываете (и, следовательно, можете настраивать). Я делаю это в нескольких репозиториях с особыми (часто: библиотечными) потребностями.