Никогда не слышал об установке дополнительных библиотек в папку зависимостей.
Создайте файл установки python в папке root, если у вас его еще нет, там вы можете определить, какие пакеты ( библиотеки, как вы их называете), которые необходимы вашему проекту. Это простой установочный файл, например:
from setuptools import setup, find_packages
setup(
name = "yourpackage",
version = "1.2.0",
description = "Simple description",
packages = find_packages(),
install_requires = ['matplotlib'] # Example of external package
)
При установке пакета, содержащего этот установочный файл, он также автоматически устанавливает все требования в вашем VENV. И если вы используете pycharm, он также предупреждает вас, если есть требование, которое не установлено.