Вы изменяете в памяти представление структуры DOM, представленное объектом document
. Это не повлияет на выходной файл.
Вам нужно будет фактически добавить код записать измененный документ обратно в файл.
File file=new File("C:\\Users\\ctisi\\Documents\\results.html");
Document document=Jsoup.parse(file , "utf-8" );
Element resultID=document.getElementById("result");
resultID.text("This is a sample content.");
FileWriter writer=new FileWriter(file);
writer.write(document.toString());
writer.flush();
writer.close();