Трудно быть уверенным, не просматривая PDF-файл, но «квадраты», о которых вы говорите, - это общий способ представления глифа .notdef в шрифте TrueType. Когда шрифт не содержит указанный глиф, вместо него используется глиф .notdef.
Наиболее частая причина этого заключается в том, что шрифт, используемый файлом PDF, не встроен, что означает, что должен быть заменен используемый. Если заменяющий шрифт не имеет необходимого глифа, он будет отрисован как .notdef.