Так как вы хотите l oop через массив по вертикали, изменив первое измерение, вам нужно, чтобы переменная во внутреннем для l oop была первым измерением, как показано ниже:
for(int i=0; i<3; i++){
for(int j=0; j<3; j++){
System.out.println(a[j][i]);
}
}