Предположим, например, что вы хотите загрузить все файлы с расширением .css в отдельный проект.
Вам необходимо создать два файла в папке root каждого проекта. и назовите их .gitignore (сначала не забудьте об этом)
В репозитории, где вам нужны все файлы, кроме css файлов, напишите в .gitignore файл:
*.css
В репозитории, где вам нужны только файлы css, впишите в файл .gitignore:
*
!*.css
Теперь вы получите sh файлы .gitignore соответственно для каждого созданных вами проектов.