Это случалось со мной несколько раз:
Что в конечном итоге решило для меня (OS X), так это удаление кеша pub:
sudo rm -Rf /Users//.pub-cache
Также удалите каталог пакетов в вашем проекте root:
sudo rm -Rf packages
Затем pub снова попадает в ваш проект (ы), но убедитесь, что что вы не действуете как root (whoami скажет вам, и выход выведет вас оттуда).