Вы не можете сделать это за один шаг, ориентированный на фрагменты. Вам необходимо разместить элементы в промежуточном хранилище и создать второй этап, который читает из промежуточного хранилища и записывает в окончательный файл.
Промежуточное хранилище может быть, например, промежуточной таблицей или очередью. Вы также можете записывать элементы в промежуточные файлы, а затем объединять эти файлы.