В настоящее время я пытаюсь провести анализ основных координат (PCoA) в R. Я новичок в R и все еще пытаюсь изучить синтаксис и код. Мне удалось запустить PCoA, и я получил его на график, и теперь я пытаюсь визуализировать PCoA в трехмерном пространстве с помощью функции scatter3d ().
Я успешно запустил PCoA со следующим кодом
#Running the PCoA
library(vegan)
library(labdsv)
Gowerdist <- vegdist(data.frame,method="gower", na.rm= TRUE)
pcotest <- pco(Gowerdist,k=4)
summary(pcoaTESTplot)
write.csv(pcotest$points,'pcotestPOINTS.csv')
#Plotting PcoA
library(ggplot2)
pcoaTESTplot <- read.csv("pcotestPOINTS.csv")
ggplot(pcoaTESTplot, aes(x=V1, y=V2, color=Species)) + geom_point() + geom_text(aes(label=Species),hjust=0, vjust=0)
pcotestPOINTS.csv обычно строит графики в 2D-плоскости, и я группирую его по видам, и имеет следующие значения (я новичок в R и не знаю, как записать это в виде кода; предложения были бы полезны):
Species V1 V2 V3 V4
1 cf_M -0.031781895 -0.014792286 -0.004503777 -0.012610220
2 C -0.091464004 -0.134006338 -0.017100030 0.049538102
3 C -0.142280811 -0.071970920 0.057220986 0.015636930
4 G 0.127901175 -0.056155450 -0.018575333 0.015381534
5 G 0.116318613 -0.125552537 0.036418773 -0.098754726
6 G 0.212966778 -0.097406669 -0.023185002 0.081309634
7 G 0.063114834 -0.052422944 -0.027281979 -0.013183572
8 G 0.164193441 -0.145067313 0.047893500 -0.075261012
9 G 0.125573983 -0.030635914 -0.003522366 0.055693725
10 C -0.175866887 -0.049829963 -0.032233067 0.033557543
11 cf_M -0.135541377 0.055739251 -0.089503580 0.048764398
12 C -0.177278483 -0.022729224 -0.036536839 0.056107016
13 C -0.213010465 -0.048179837 -0.066925006 0.044377553
14 C -0.150118314 -0.011262976 0.052875986 0.078814272
15 C -0.052938204 -0.032302610 0.031115540 0.041222419
16 cf_M -0.060527464 0.047843822 -0.032686702 -0.116874986
17 cf_M -0.104463064 -0.056349285 0.031957309 -0.059974654
18 C -0.110412784 -0.023630954 0.005149408 0.044280367
19 cf_M -0.120946082 0.060083837 -0.085371294 -0.130249238
20 cf_M -0.052607412 -0.035729934 0.034557754 0.039291800
21 M -0.098428805 0.227005817 0.012707286 0.015943080
22 G 0.111732258 -0.105793117 -0.078062124 0.018757562
23 G 0.104440727 -0.043103550 -0.054803773 0.040568053
24 G 0.114630615 -0.102812853 0.029796076 -0.025098120
25 cf_G 0.041189558 -0.109686712 -0.081449510 0.012694654
26 G 0.139372615 -0.073429675 -0.035514832 -0.021797285
27 cf_G 0.049630172 -0.120238042 -0.082500823 -0.025354457
28 G 0.131962913 -0.079345351 -0.038031678 0.032418512
29 G 0.145388151 -0.073033647 -0.006097915 0.016838026
30 G 0.153083521 -0.080719015 0.009411666 0.013890614
31 G 0.163658995 -0.056128193 0.014838792 0.019248676
32 G 0.175740848 -0.055809349 -0.085783874 0.042118869
33 M 0.122374853 0.121760579 0.000972723 -0.048284135
34 M 0.073623753 0.083966711 -0.048553107 0.014595662
35 cf_M 0.002493609 -0.019775472 0.048228606 -0.107557856
36 cf_M -0.142542791 -0.048504297 -0.033862597 0.014891024
37 M 0.073067507 0.175692122 -0.032429380 -0.013033796
38 M 0.049394837 0.048055305 -0.048492332 0.024362833
39 M 0.043374473 0.148914450 -0.071568319 0.076386040
40 M 0.100479924 0.101136266 -0.000714071 0.069775037
41 C -0.095274095 -0.066087291 0.126446794 -0.054039041
42 C -0.050515560 -0.075369130 0.075846115 0.004257934
43 cf_C -0.120209368 -0.044737012 -0.015814314 0.029790605
44 M 0.033819722 0.077098451 0.103200615 0.001797658
45 M 0.099041728 0.127793360 0.123679516 -0.092233055
46 C -0.119684548 -0.071573066 0.020774450 0.045440300
47 M 0.080064569 0.158117147 0.050984478 0.049517871
48 M 0.073061563 0.179736841 0.061438231 -0.085872914
49 M 0.066196996 0.126650019 -0.073256733 0.050736463
50 M -0.017180859 0.092915512 -0.062340826 0.030966866
51 M 0.007313941 0.030544171 0.034107786 -0.008451064
52 M 0.030077136 0.091946729 0.019021861 -0.037148376
53 M 0.181104379 0.154261866 0.184970234 0.152371966
54 cf_M -0.076461621 0.038913381 -0.094850112 -0.075737783
55 cf_M -0.077452675 0.058624603 -0.104210238 -0.028904142
56 C -0.136410016 -0.068696015 0.032681381 0.027559673
57 cf_M -0.084262114 0.025497711 -0.046012632 -0.090147470
58 C -0.099403208 -0.049318827 0.047823149 -0.074616210
59 cf_C -0.151949338 0.003355951 -0.074866137 0.026535190
60 M -0.048272207 0.035885684 -0.036572954 -0.024464274
61 M 0.035272332 0.137994016 0.048921034 -0.033152910
62 M 0.061062726 0.088220032 0.027235884 0.006511185
63 cf_M -0.022678804 0.096566014 -0.089668642 -0.032362149
64 M 0.100783139 0.070006730 0.086195185 -0.022204185
65 cf_C -0.009137953 0.017062431 -0.050115368 -0.133785442
66 cf_M -0.107810732 -0.068024004 0.021125172 0.021052237
67 G 0.095668772 -0.138675431 -0.028579849 -0.076913412
68 M -0.027020841 0.069674169 -0.021508615 0.032142949
69 C -0.226937501 -0.080085817 0.216765725 0.015425306
70 G 0.203314776 -0.110344554 0.079133253 0.040076830
71 C -0.153490987 -0.013755267 0.165370191 -0.036327947
72 G 0.113580066 -0.166450142 -0.014627538 -0.018557855
73 M -0.132917211 0.008685202 0.031339457 0.058982043
74 cf_M -0.000375639 0.030195173 -0.024656948 0.018778677
75 C -0.159551518 -0.026830563 -0.020288912 0.049217439
76 M 0.057460058 0.096136625 0.006413249 -0.029953721
77 cf_M -0.066324419 0.070271569 -0.083959037 0.025280882
Когда я использую функцию scatter3d ():
library(scatterplot3d)
library(plot3D)
scatter3d(x = pcoaTESTplot$V1, y = pcoaTESTplot$V2, z = pcoaTESTplot$V3,
point.col = "blue", groups = pcoaTESTplot$Species, ellipsoid = TRUE, grid = TRUE, surface = FALSE)
, я получаю все виды нанесены на график, но только виды "C" получают эллипс вместе с ошибкой
Ошибка в chol.default (shape): ведущий минор 3-го порядка не является положительно определенным
Я попытался изменить порядок значений или посмотреть, связано ли это со значениями, близкими к нулю, но я знаю кого-то, кто запускал один и тот же код с аналогичными числами, и все группы имели эллипс. Я также попытался взять «cf_G», у которого всего 2 точки, и сгруппировать его с «G», чтобы увидеть, была ли ошибка из-за попытки сформировать эллипс на двух точках, но я все равно получил ту же ошибку. Кто-нибудь знает, в чем ошибка? Спасибо! (Приносим извинения за грубый код / синтаксис ...)