Некоторые идеи
Shebang
Поместите shebang , указывающий на интерпретатор Python внутри виртуальной среды с полным путем в в верхней части сценария.
#!/path/to/my/venv/bin/python
import sys
print(sys.executable)
Shell / пакетный сценарий
Напишите сценарий оболочки, преобразующий вызов в фактический сценарий Python:
#!/usr/bin/env sh
/path/to/my/venv/bin/python /path/to/my/script.py
Python обертка
#!/usr/bin/env python3
import subprocess
command = [
'/path/to/my/venv/bin/python',
'/path/to/my/script.py',
]
subprocesss.check_call(command)