Разве вы не можете просто поместить эти файлы в .gitignore
и использовать оставшуюся часть репо как есть? Я думаю, что это должно работать. Или вы хотите, чтобы файлы контролировались версией локально, а не передавались? Я не уверен, возможно ли это, так как это изменения, которые передаются, а не файлы.
Если у вас уже есть .gitignore в репозитории, вы можете изменить свою локальную конфигурацию git, чтобы использовать другой файл исключения, в котором вы исключаете файлы, которые вы хотите (git help gitignore) для деталей. Будет ли это работать?