SGE выполняет слишком много заданий одновременно - PullRequest
0 голосов
/ 16 июня 2020

Я аспирант по специальности «Геномика и биоинформатика». В нашей лаборатории есть кластер CentOS с 7 подчиненными узлами. Система планирования - SGE 8.1.9. Проблема, с которой я столкнулся, заключается в том, что, когда я отправляю пакет заданий (скажем, 250 заданий), применяя 4 процессора на задание (такие параметры, как «-l vf = 8G, p = 4»), SGE выполняет эти задания одновременно, даже если во всем кластере намного меньше 1000 процессоров (потоков). Как следствие, в очереди нет заданий, но каждое задание выполняется очень медленно, потребляя около 30% времени ЦП («% ЦП» в выходных данных команды top). Это нормально (потому что я не думаю, что это эффективный способ)? Если нет, то в чем может быть причина? Любая помощь приветствуется. Спасибо!

...