Вы можете - как указывает принятый ответ - создавать целые файлы javascript с помощью PHP. Но если вы просто пытаетесь получить доступ к некоторому ограниченному динамическому контенту, это часто бывает излишним. Если вы просто пытаетесь получить доступ к нескольким переменным, которые должны быть сгенерированы PHP, встроенный JavaScript работает нормально. Добавьте это к своей голове HTML:
<script type="text/javascript">
<?php if( $condition == true ) : ?>
var variable1 = <?php $var1 ?>,
variable2 = <?php $var2 ?>;
<?php else: ?>
var variable1 = <?php $var1Alt ?>,
variable2 = <?php $var2Alt ?>;
<?php endif; ?>
</script>
Просто убедитесь, что вы добавили до , любые связанные сценарии зависят от этих переменных.