Я пытаюсь использовать DESeq2.
При определении переменной условия у меня возникают проблемы с преобразованием вводимых данных в коэффициент.
Мои вводимые данные представляют собой фрагмент из электронной таблицы, из которой я импортировал excel.
condition<-Samples1[,9]
Когда я печатаю эту переменную, я получаю:
> condition
# A tibble: 88 x 1
`Ever Use Tobacco (1=N, 2=Y)`
<chr>
1 N
2 Y
3 N
4 N
5 N
6 N
7 N
8 N
9 Y
10 N
# … with 78 more rows
Когда я проверяю тип, я получаю:
> str(condition)
tibble [88 × 1] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
$ Ever Use Tobacco (1=N, 2=Y): chr [1:88] "N" "Y" "N" "N" ...
Когда я пытаюсь преобразовать на множитель, я получаю:
> factor<-factor(condition)
> factor
Ever Use Tobacco (1=N, 2=Y)
<NA>
Levels: c("N", "Y")
Другой метод, который я нашел для DESeq2, также не работает:
> conditionc<-factor(c(condition))
> conditionc
Ever Use Tobacco (1=N, 2=Y)
c("N", "Y", "N", "N", "N", "N", "N", "N", "Y", "N", "N", "N", "N", "Y", "Y", "Y", "N", "N", "N", "N", "Y", "N", "Y", "Y", "Y", "N", "N", "Y", "N", "Y", "N", "N", "N", "Y", "N", "N", "N", "N", "Y", "Y", "N", "N", "Y", "Y", "N", "N", "Y", "N", "Y", "N", "N", "N", "N", "N", "N", "N", "N", "Y", "Y", "N", "N", "Y", "Y", "N", "N", "N", "N", "N", "Y", "N", "N", "Y", "N", "N", "Y", "N", "N", "N", "Y", "Y", "N", "N", "Y", "Y", "Y", "N", "Y", "N")
Levels: c("N", "Y", "N", "N", "N", "N", "N", "N", "Y", "N", "N", "N", "N", "Y", "Y", "Y", "N", "N", "N", "N", "Y", "N", "Y", "Y", "Y", "N", "N", "Y", "N", "Y", "N", "N", "N", "Y", "N", "N", "N", "N", "Y", "Y", "N", "N", "Y", "Y", "N", "N", "Y", "N", "Y", "N", "N", "N", "N", "N", "N", "N", "N", "Y", "Y", "N", "N", "Y", "Y", "N", "N", "N", "N", "N", "Y", "N", "N", "Y", "N", "N", "Y", "N", "N", "N", "Y", "Y", "N", "N", "Y", "Y", "Y", "N", "Y", "N")
>
Данные должны выглядеть как пример :
> condition <- factor(c(rep("ctl", 4), rep("exp", 4)))
> condition
[1] ctl ctl ctl ctl exp exp exp exp
Levels: ctl exp
Кто-нибудь может объяснить, что я делаю неправильно?