Вы смешиваете отдельные таблицы и базы данных, которые состоят из нескольких таблиц.
Попробуйте следующий запрос, чтобы узнать, насколько велики отдельные таблицы:
SELECT CONCAT(TABLE_SCHEMA, ".", TABLE_NAME) `table`,
ROUND((data_length + index_length) / 1024 / 1024, 1) "Table Size in MB"
FROM information_schema.tables
Если одна таблица все еще занимает неожиданно много места, попробуйте выполнить следующий запрос, который освободит неиспользуемое пространство в кластеризованном индексе (по крайней мере, для таблиц InnoDB).
OPTIMIZE TABLE <tablename>