Вы не можете запускать эти команды в AppEngine, вам необходимо запустить их перед развертыванием и развернуть ключи.
Файловая система доступна только для чтения, что означает, что вы не можете создавать какие-либо файлы (кроме / tmp) что, в свою очередь, означает, что нет другого способа, кроме как сгенерировать ключи в системе, из которой вы развертываете (например, на вашем компьютере).