Вы спрашиваете, лучше ли RMI или низкоуровневое программирование сокетов? Я бы сказал, что если у вас нет веских причин, используйте что-то более высокое для работы в сети. Недостаток RMI заключается в том, что он связан с Java. Если это проблема, вы можете посмотреть другие, более кросс-платформенные протоколы удаленного взаимодействия.
В любом случае проблема с сетью, похоже, совершенно не связана с «обработкой транзакций с БД Oracle».